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四川農業大學構建全球首個牧草領域圖形泛基因組——

為糧食安全筑牢種源基石

發布時間:2023-03-13 作者:通訊員 張喆 本報記者 徐倩 來源:中國教育報

一株小草牽動著國家糧食安全。3月3日,四川農業大學草業科技學院教授黃琳凱團隊在國際知名學術期刊《自然遺傳學》發表了題為《美洲狼尾草泛基因組構建、結構變異挖掘及耐熱機制解析》的研究成果,這也是全球首個牧草領域圖形泛基因組。

該研究成果加速攻關牧草業各環節“卡脖子”技術,選育出適合我國種植的優良牧草品種,緩解了我國牧草緊缺的困境,在保障糧食安全、應對全球氣候變暖等方面發揮了重要作用。

牧草荒引發“人畜爭糧”

隨著人民生活水平不斷提高,我國牛羊肉、牛奶等草畜產品消費大幅增加,牧草需求量也跟著水漲船高。然而,我國牧草產業發展遠落后于發達國家,每年需要從國外大量進口草種和干草。為此,不少地方出現了把灌漿期小麥用作青貯飼料的極端現象,導致“人畜爭糧”矛盾凸顯。

“我國牧草用種約70%依賴進口。種源安全成為關系農牧產業升級的關鍵要素?!秉S琳凱認為,我國現階段糧食安全主要是飼料糧和蛋白質供應的安全。利用牧草可有效保障飼料糧和蛋白質供應的安全,也是踐行大食物觀的重要體現。

“科技是破解牧草荒的重要手段。利用現代育種、種植技術,能夠提升牧草產業發展效益。”黃琳凱介紹,早在十多年前,團隊就開始了相關牧草的基因研究,并在2019年公布了我國首個牧草參考基因組,為接下來的研究奠定了重要基礎。

美洲狼尾草最大的優勢在于單產高。在我國,它是草食家畜和食草淡水魚類的優質飼料和青料。隨著該物種在我國的種植面積越來越大,黃琳凱認為,必須掌握它的圖形泛基因組,為開展下一步的基因挖掘、分子育種奠定基礎,進而引領我國牧草業高質量發展。

解決牧草業“卡脖子”難題

2018年起,帶著解決牧草業底層技術難題的初心,黃琳凱團隊開始著手構建美洲狼尾草的圖形泛基因組。這是一項浩大的工程,牧草基因組大、重復序列及雜合度都較高,增加了基因組序列構建的難度。研究開始進行得并不順利,基因組裝總是失敗。

為此,團隊主動出擊,聯合國內外多家單位,組建了一支強有力的研究隊伍,并從全球8個地區收集到394份美洲狼尾草核心種質,選取了10份代表性材料重新組裝基因組。

由于團隊骨干成員分布在世界各地,每天中國的成員結束實驗分析后,將結果上傳至公共平臺,其他地區的成員再接力推進。研究之路一波三折。通過磨合,最終團隊形成了24小時不停歇的研究分析模式,大大加快了研究進程。

有的擅長基因組裝、有的擅長進化研究、有的算力強……黃琳凱充分整合各方優勢,基于一個已有的基因組,成功構建出首個美洲狼尾草圖形泛基因組,發掘出424085個結構變異,并利用泛基因組圖譜進行的全基因組關聯分析,發現了143個重要農藝性狀相關聯變異位點,挖掘出446個與產量性狀相關的候選基因。

“這些成果為加速攻關牧草業‘卡脖子’技術提供了重要支撐?!秉S琳凱自豪地說,該成果為培育突破性牧草優良品種,提升優質安全食物供給能力,打開了一扇新窗口。

找到植物“耐熱性”關鍵基因

當前,全球氣候變暖已成為限制農作物產量的重要因素,嚴重威脅世界糧食安全。起源于非洲的美洲狼尾草,有一項特殊性能——能夠適應極端高溫的氣候,是研究植物耐熱機制的優良材料。

基于研究成果,黃琳凱團隊對水稻、玉米、高粱等多個物種進行比較基因組學分析,發現美洲狼尾草中擴張的RWP-RK轉錄因子家族和內質網相關基因協同參與了耐熱性調控,挖掘并驗證到3個關鍵結構變異和3個調控候選基因。過表達其中一個RWP-RK基因,可以顯著提高水稻耐熱性,這為分子育種提供了重要靶點。

“解析植物的耐熱機制,從而改善植物耐熱性,培育耐高溫的農作物,是目前最重要的育種目標之一?!敝参锘蚪M研究專家、上海師范大學教授黃學輝認為,研究不僅為美洲狼尾草基因資源的挖掘及育種提供了重要資源,也為提高其他作物的耐熱性提供了新思路。

《中國教育報》2023年03月13日第6版 

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